宝山区疾病预防控制中心始终坚持“求真务实、开拓创新、科学严谨、高校有序”的创建理念，艰苦创业，不断加强自身建设，提高科学管理水平和业务技术，两个文明建设取得显著成就，曾荣获卫生部“全国卫生先进集体”、“全国计划免疫先进单位”和国家档案局“科技事业单位国家二级档案管理”，以及“上海市优秀基层党组织标兵单位”、“上海市百佳爱心助老特色基地”、“上海市卫生系统抗击非典先进集体”等多项市级以上的荣誉称号，并屡获“卫生系统五好班子”、“基层领导考核先进单位”和“区级文明单位”等区级集体荣誉称号，另外在全市业务工作年终考核中已连续12年成绩“优秀”。中心实验室连续多年经市技术监督局的计量认证考评合格，2005年又通过中国实验室国家认可评审。
    区疾控中心坚持科学发展观，以科学进步为动力，重视科学研究、素质教育与人才培养。目前，单位正在参与或主持的国家或市、区级科研课题10多项，历年来已获区级科技进步获五项。其中《宝山区推广甲肝疫苗接种控制病毒肝炎的研究与效果评价》获宝山科技进步一等奖。区政府成立以来，确定传染病和慢性非传染病的重点项目，加快了卫生技术队伍人才和能力建设，大力引进、选拔、培养高学历人才，提高了业务人员的自主创新能力，在国家、市级专业杂志上撰写发表的论文超过百篇。宝山区疾控中心已被聘为“同济大学医学院预防医学实习基地”和“遵义医学院管理学教学基地”。