宝山区疾控中心始终坚持“求真务实、开拓创新、科学严谨、高效有序”的工作理念，不断加强领导班子自身建设和职工队伍建设，努力提高科学管理能力和专业技术水平。在精神文明建设和业务能力建设方面取得显著成就，获得了多项荣誉。近年来曾荣获卫生部“全国卫生先进集体”、“全国计划免疫先进单位”、“国家二级科技档案管理单位”以及“上海市优秀基层党组织标兵单位”、“上海市卫生系统文明单位”、“上海市科学技术成果”、“上海市百佳爱心助老特色基地”、“上海市职工技协先进单位”、“上海市牙防优秀区县”、“上海市标准信息管理优秀会员单位”、“上海市卫生系统抗击非典先进集体”、“上海市五四特色团支部”等多项市级以上的荣誉称号。获得“宝山区级文明单位”，“宝山区爱国卫生先进单位”、“宝山区抗震救灾先进基层党组织”、“宝山区军民共建社会主义精神文明先进集体”、“治安安全合格单位”，并屡获“卫生系统五好班子”、“基层领导考核先进单位”、“退管工作先进集体”、“拥军优属先进单位”、“三八红旗集体”、“先进基层团组织”等荣誉称号，另外在全市业务工作年终考核中已连续多年成绩“优秀”。中心实验室经市技术监督局计量认证考评合格，2005年又通过中国实验室国家认可评审。
     宝山区疾控中心高度重视科学研究、素质教育和人才培养。目前，单位正在参与或主持开展的国家或市、区级科研课题10多项。历年来已获宝山科技进步奖五项，其中《宝山区推广甲肝疫苗接种控制病毒肝炎的研究与效果评价》获宝山科技进步一等奖。近年来，中高级专业人员在国家级、市级专业杂志上撰写发表的论文超过百篇。宝山区疾控中心已被聘为“同济大学预防医学实习基地”、“遵义医学院管理学教学基地”“和上海市宝盛职业技术培训学校建立有害生物预防控制员培训的教学实习基地”。